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【GG扑克室(ggpks.com)报道】
独立时期（2005~2011）本来只是针对个人命运的控诉，但最后承受的是变种人。马格纳斯之殿（House of M）一役令变种人的数目锐减，加速了针对变种人的攻击。在种种不利因素包围下，X战警终于成立自己的国家乌托邦（Utopia）。前情回顾：【漫威百科】X战警历史（黑暗时期）
马格纳斯之殿：
在学生的反对下X教授执意到带万磁王的尸体回Genosha埋葬，抵步后更表示自已会着手协助Genosha的重建。X战警离去后万磁王出现，两人更感叹观音不惜假扮成万磁王来传扬他的极端民族主义。
万磁王的女儿绯红女巫是个拥有能改变现实能力的变种人，失去儿子跟丈夫的精神创伤令她无意中引发了复仇者解散（Avengers Disassembled）事件；就在复仇者要决定绯红女巫的惩处前，万磁王现身把女儿接走，希望X教授可以帮忙治疗绯红女巫；但任凭X教授怎样努力还是没有成果。
X教授向复仇者联盟公布他的失败，复仇者联盟跟X战警都去到Genosha决定她的最后命运。绯红女巫的哥哥快银深信这些队友要杀死妹妹，引导绯红女巫改变现实，制做出万磁王理想中的世界。在什么都知道的小妹妹Kayla Miller的异能下大家都明白这是个假象，英雄们再一次聚集在万磁王的家中。发现自己被儿子愚弄的万磁王攻击快银，这情景令绯红女巫诅咒自已变种人的身份，她利用自己的力量把世界回复正常，但一众变种人都失去他们的超能力；变种人的数量一下子由数千万变得只剩下198人。
致命创世纪 & 弥赛亚再临：
变种人一时间变成少数民族，但这不代表他们承受的压力有减轻。就在这个时候X战警发现原来X教授一直隐瞒着另一队X战警曾经存在过的事实，而这批战死在Kraoka的X战警中更包括镭射眼的三弟伏尔坎（Vulcan）；为免令他伤心X教授更改动了镭射眼的记忆。伏尔坎在队友的牺牲下保住了性命，但他决心要向所有曾辜负他的人报复，第一目标便是他出生的希阿帝国。伏尔坎夺取了希阿帝国的最高权力，更杀死了父亲海贼（Corsair）；为跟三弟制衡浩劫决定继承父亲的名号，留在外太空与海贼的队伍阻星者（StarJammers）跟伏尔坎角力。
绯红女巫改变世界的日子被称为M-Day，而自M-Day后第一位出生的变种人便成为各方争夺的焦点。就在镭射眼为X战警的行动计划时，X教授还以老师的身份训斥他。伏尔坎事件加上不满做成镭射眼跟X教授之间的大缺口，最后镭射眼勒令X教授离开X大宅。
乌托邦：
离开X大宅的教授跟电索合作，在数个争夺的团体中终于把婴孩救到手。女婴的存在触动了毕肖普童年痛苦的回忆，他深信这名女婴便是导致他童年变种人受压逼的根源；电索成功把女婴带到未来世界，而X教授也被毕肖普所伤。万磁王救走X教授，在治疗后X教授开始四出修补他之前破坏了的关系以及没了结的问题。
经过外星Skrull族的秘密入侵（Secret Invasion）后，国安大权落入绿魔诺曼·奥斯本（Norman Osborn）手上。诺曼·奥斯本雇用罪犯假扮成英雄，同时追捕真正的英雄队伍，展开了黑暗时代黑暗王朝（Dark Reign）。为牵制各方面的势力，诺曼邀请艾玛·弗罗斯特当他的智囊团，希望借此牵制跟其他英雄较疏离的X战警；镭射眼利用这机会获得充足的资源，为变种人建立了自已的国家乌托邦。就在诺曼可以做进一步行动前，他已经在围城（SIEGE）事件中被赶下台。
分裂（Schism）：
电索跟女婴在未来世界一直被毕肖普追杀，而女婴霍普（Hope）也在这十多年间跟电索培养出父女的感情。最后两人在遥远的未来摆脱了毕肖普，当回到现代时他们马上要面对来自棱堡的追杀。最后霍普成功跟X战警在乌托邦会合，可是电索却为维持时光隧道牺牲了自已。第一次离开父亲令霍普感到不安，罗刹女便成为她重要的学习对象。
新的地狱火俱乐部出现，而世界各地的哨兵机器人也再一次被启动。在是否应该让少年人上战场的议题下，镭射眼跟金刚狼开始了分歧。两人一面应付哨兵的攻击，一方面把二人多年间的积怨发泄出来。最后金刚狼决定离开乌托邦，跟一批赞同他意见的变种人回到X大宅的遗址重新再开始；新学校以琴·格雷的名字命名。
题外话：挨过上世纪的困境后，漫威在2009年终于正式被传媒巨人迪士尼收购，电影方面的成积相信大家都有目共睹。
X战警漫画方面，最大改变是跟其他漫威漫画的融合；一直以来变种人队伍虽然间中会跟复仇者联盟等合作对抗敌人，但甚少真正地参与在故事的发展或发挥其影响性。即使是影响着其他英雄的内战（Civil War），X战警也是抱着旁观者角色并未有太大参与。虽然这种疏离感在乌托邦建立后又再次回复，但变种人跟其他超级英雄之间的关系已变得更紧密。
这段时期出版的X战警书刊有：
《Soldier X》和《X探员（Agent X）》完结后，以两位原主角命名的《锁链和死侍（Cable & Deadpool）》（2004）正式出版；系列于08年完结，两位主角再次出版个人名义期刊；
《New X-Men：Academy X》改名为《全新X战警》，而《全新X战警》则在08年弥赛亚情结（Messiah Complex）后改名为《X战警传奇（X-Men Legacy）》；
《X Factor》重新出版，主要角色为前浩劫队成员分身人（Multiple Man）和他所成立的X-Factor Investigation侦探社；
描述Genosha的圣剑于05年结束，同年再推出以原圣剑成员的书刊（2005~2007）；
马格纳斯之殿后，新书《金刚狼前传（Wolverine：Origins）》（2006~2010）便用来讲述金刚狼的过去，同人物另一半的书刊《金刚狼：X武器（Wolverine：Weapon X）》（2009~2010）则集中在较重口味的画面和情节；本来的金刚狼一书则在同期改为描写他的儿子戴肯（Daken），书名也改为《黑暗金刚狼（Dark Wolverine）》。复制人X-23的个人系列也在10年开始；
X-特攻队（2008~2010）在镭射眼的手下再一次重组，但这次他们的身份却是专门负责黑工；解散后金刚狼隐瞒镭射眼组成非凡X战警（2010）继续行动；
因为秘客的回归，新变种人在2009年再一次重组，成员便是当年那群初代新变种人；
弥赛亚再临（Second Coming）后，霍普四出寻找其他新得到异变能力的青少年，她的故事纪录在《Generation Hope》（2011~2012）一书内。
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